Фамилия Губницын — одна из тех, что хранят в себе загадку не столько в корне, сколько в суффиксе. На первый взгляд, основа «губ-» ясна: она восходит к слову «губа» — части лица. Но вот как из «губы» получился «Губницын»? Сразу бросается в глаза суффикс «-ицын». Это не типичное «-ин» (как в фамилиях Губин, Губкин) и не «-ов». Модель «-ицын» обычно указывает на прозвище, образованное через суффикс «-ица». То есть сначала было слово «губница» — так могли называть женщину с полными губами, с определённой особенностью рта. А от её прозвища через притяжательный суффикс «-ын» (фонетически «-ицын») и родилась фамилия: «чей сын?» — «Губницын», то есть сын Губницы.

Такая цепочка встречается реже, чем прямая патронимия от мужского имени. Губницын — не от Губницы (мужское имя «Губница» не фиксируется), а именно от женского прозвища. Это не делает фамилию «матронимической» в строгом смысле (обычно матронимы образуются от имени матери, а не от её прозвища), но указывает на бытовую ситуацию: в семье выделяли женщину, и её особенность стала родовым знаком.

Есть и более прозаичная версия: «губница» — это не только про губы. В русских говорах «губница» означала гриб (подосиновик или подберёзовик), а также растение, похожее на губу. Но для прозвища человека это маловероятно: скорее всего, речь всё-таки о внешности.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных областях России, но без выраженного «гнезда». Сословная принадлежность не прослеживается: Губницыны могли быть и крестьянами, и мещанами. Известных носителей с этой фамилией нет, что типично для редких прозвищных фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.

Если сравнивать с однокоренными: Губин — самая частая, от «губа» напрямую; Губкин — от уменьшительного «губка»; Губницын же стоит особняком из-за женского суффикса. В этом его уникальность: он не просто описывает внешность, а указывает на то, что прозвище закрепилось за матерью или бабушкой, а не за отцом.