Фамилия Губнин образована по простой и распространённой модели: к основе, в данном случае «Губн-», добавили суффикс принадлежности «-ин». В русской традиции суффикс «-ин» указывает на то, что фамилия происходит от имени или прозвища отца, реже — от названия его занятия. Буквально Губнин — это «сын Губни» или «человек из рода Губни».

Корень «губ-» в русских прозвищах многозначен. Самое прямое объяснение — связь со словом «губа». Прозвище Губня могли дать человеку с большими, полными или заметными губами. В говорах слово «губан» означало «губастый», а «губня» — тот же смысл, только в более фамильярной или уменьшительной форме. Такие прозвища по внешним приметам — одни из древнейших в русской ономастике.

Однако есть и вторая версия, менее очевидная, но правдоподобная для некоторых регионов. В северных и уральских говорах «губнить» значило «ныть, плакать, хныкать». Соответственно, Губней могли прозвать капризного или постоянно жалующегося человека. Это значение корня встречается реже, но оно объясняет не только существительное, но и возможный глагольный оттенок прозвища.

Фамилия Губнин — не из самых частых, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. Поскольку она образована от прозвища, а не от крестильного имени, можно предположить, что её носители происходят из среды крестьян или посадских людей, где такие «уличные» фамилии закреплялись в XV–XVII веках. Дворянских родов с этой фамилией в исторических источниках не прослеживается — скорее всего, это фамилия однодворцев или государственных крестьян.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Губин, Губанов, Губарев — показывает, что Губнин стоит особняком. Если Губин и Губанов чаще связывают с именем Губа (краткая от Гурий) или с тем же словом «губа», то суффикс «-н-» в основе Губнин указывает на более конкретное, «прозвищное» происхождение: не просто «губа», а именно «губня» — характерная черта или поведение.