Фамилия Губнева — женская форма, а мужская — Губнев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Губень. В древнерусском языке «губень» означало «губка» (в значении гриба-трутовика) или «нарост на дереве». Такое прозвище мог получить человек с какой-то особенностью внешности (например, с шишкой или опухолью) либо тот, кто занимался сбором или обработкой трутовиков — из них делали трут для огнива, а также использовали в народной медицине.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «губить». В этом случае прозвище Губень давали человеку, который отличался склонностью к потерям, порче или даже вредительству. Однако такая трактовка встречается реже, так как прозвища от глаголов обычно образовывались с суффиксами -ач, -ун (например, Губач, Губун), а не -ень.

По модели образования фамилия Губнев относится к типичным русским патронимическим фамилиям на -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Губнев — сын Губня (или Губня). Само имя Губень было неканоническим, то есть нецерковным, и встречалось в русских говорах. В документах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с подобными прозвищами, но конкретные записи по фамилии Губнев не выделяются в широко известные исторические источники.

Фамилия Губнева довольно редкая. По данным современных справочников, её носители встречаются преимущественно в центральных и южных областях России, а также в некоторых регионах Украины. Встречаются варианты написания с одной «н» — Губнева, но это скорее опечатка или результат упрощения в документах.

Таким образом, предки современного носителя фамилии Губнева, скорее всего, были людьми, получившими прозвище по внешнему признаку или роду занятий, связанному с лесом и добычей трутовиков. Фамилия сохранила в себе это древнее слово, которое сегодня почти вышло из обихода.