Фамилия Губаева происходит от прозвища Губа. Чаще всего так в старину называли человека с заметными, полными губами — эта примета сразу бросалась в глаза и легко закреплялась в качестве прозвища. Однако у слова «губа» было и переносное значение: обидчивого, капризного человека, который «гнёт губу», то есть дуется, тоже могли прозвать Губой.

Менее очевидная, но возможная версия связана с тюркским именем Губа, означающим «возвышенный» — в этом случае фамилия могла возникнуть в среде, где смешивались славянские и тюркские традиции именования. Кроме того, в народе слово «губа» иногда выступало как мирское, нецерковное имя — такие имена давали детям до крещения, чтобы защитить от злых сил. В некоторых русских говорах «губами» называли и грибы, что добавляет ещё один, пусть и редкий, смысловой оттенок.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -а: Губа → Губаев. Историк С. Б. Веселовский в своих трудах фиксирует носителей этого прозвища в XV веке: Яков Михайлович Губа Викентьев упоминается в 1479 году, а Михаил Губа Стогинин — в 1507 году на Белоозере. Это одни из самых ранних документальных свидетельств бытования прозвища, от которого позже пошла фамилия.

Таким образом, у фамилии Губаева несколько корней: внешность, характер, заимствованное имя или народное имя. Какая из версий верна для конкретной семьи — зависит от истории рода, но все они вписываются в общую картину русских фамильных прозвищ.