Фамилия Губаев — это типичная русская фамилия, образованная от прозвища или мирского имени Губа. В её основе лежит сразу несколько возможных значений, и понять, какое из них сработало в конкретном роду, можно только по косвенным признакам.

Самое прямое и очевидное объяснение — внешность. Прозвище Губа могли дать человеку с большими, толстыми или выдающимися губами. Однако у слова «губа» на Руси было и переносное значение: так называли обидчивого, надутого человека — того, кто «гнёт губу» или «дуется». Это психологическая черта, которая легко закреплялась в прозвище.

В некоторых русских диалектах губами называли грибы. Поэтому не исключено, что прозвище Губа получил грибник или человек, торговавший грибами. Кроме того, имя Губа могло быть чисто мирским, то есть нецерковным именем, которое давали детям в качестве оберега или просто по традиции.

Есть и тюркская версия. Слово «губа» в некоторых тюркских языках означает «возвышенный», «высокий». Это могло быть личным именем, которое затем русифицировалось с помощью суффикса -ев. В таком случае фамилия Губаев могла возникнуть в среде татарского или башкирского дворянства, которое переходило на русскую службу.

Исторические источники подтверждают древность прозвища. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Якова Михайловича Губу Викентьева (1479 год) и Михаила Губу Стогинина (1507 год, Белоозеро). Эти записи показывают, что прозвище было в ходу уже в XV веке.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Губ- добавился суффикс -аев (фонетический вариант -ев после мягкого согласного). Эта модель типична для фамилий, возникших от прозвищ или имен на -а, -я. Потомка человека по прозвищу Губа называли Губаев — «сын Губы».

Точное место возникновения фамилии установить сложно. Процесс формирования фамилий шёл несколько столетий, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных регионах. Однако, учитывая упоминания из Белоозера, можно предположить, что северные и центральные земли Руси — одна из вероятных зон её происхождения.