Фамилия Губачевы (в мужском варианте — Губачев) восходит к прозвищу Губач. Самая очевидная версия связывает его со словом «губа» в значении «часть рта». Так могли прозвать человека с пухлыми, выдающимися губами — внешняя примета была на Руси одним из самых частых поводов для прозвища. Реже Губачом называли обидчивого человека, который «дул губы», то есть выражал недовольство.

Менее известная, но любопытная версия отсылает к диалектному слову «губа» — «морской залив» или «край, уезд, селение, двор». В этом случае прозвище могло указывать на место жительства: например, на берегу залива или на владельца большого хозяйства. Встречается и «грибная» гипотеза: губачами в некоторых говорах называли грибников (от названия грибов-губачей). Из всех версий наиболее правдоподобной выглядит первая — прозвище по внешности, так как подобные «телесные» прозвища (Губа, Губан, Губастый) давали часто и повсеместно.

Фамилия образовалась по стандартной модели: к основе Губач добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Таким образом, Губачев — это «сын Губача» или «потомок Губача». Фамилия бытует в двух написаниях: Губачев и Губачёв. Разница только в орфографии — через «ё» или «е» — на смысл она не влияет и связана с правилами передачи ударного звука в документах XX века.

Точное место и время возникновения фамилии Губачевы установить сложно: такие фамилии могли появиться независимо в разных регионах. Однако в переписных книгах и ревизских сказках XVI–XVII веков прозвище Губач встречается в северных и центральных уездах России, что указывает на возможную географию первых носителей.