Фамилия Губаченков происходит от прозвища Губачек. Оно восходит к существительному «губа» со значением «края рта у человека и животных». Возможно, прозвище Губачек указывает на особенности внешности его обладателя. Прозвище Губачек могли дать также и обидчивому человеку, тому, который «дует губы». Не исключено, что фамилия Губачеков берет начало от прозвища Губачек, образованного от существительного «губа», которое имеет значение «морской залив» или «край, уезд; селение, двор, изба; округ, владение». Вероятно, именование Губачек указывало на место жительства его обладателя или особенности его дома, размеры хозяйства. Так и прозвище Губачек закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Губачеков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губачек, со временем получил фамилию Губачеков.