Фамилия Губачекова образована от прозвища Губачек. У этого прозвища может быть несколько значений, и все они связаны со словом «губа». В первую очередь, Губачеком могли называть человека с заметной, полной нижней губой — прозвище, данное по внешности. В переносном смысле «губа» на Руси означала обидчивость: «надуть губы» — значит обидеться, поэтому прозвище могло закрепиться за капризным или чувствительным человеком.

Однако у слова «губа» есть и другое, историческое значение — административная единица. В старину губой называли округ, уезд, владение. В этом случае прозвище Губачек могло указывать на место жительства или род занятий: например, на человека, чей дом или хозяйство выделялось размерами, либо на того, кто имел отношение к управлению такой территорией. Эта версия менее распространена, но возможна, особенно если учесть, что фамилия могла возникнуть в северных или центральных регионах России, где губное деление было в ходу.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели: суффикс -ов- (в женском роде — -ова) указывает на принадлежность «чей?» — потомок Губачека. Мужская форма — Губачеков. Встречается также вариант Губаченкова, где суффикс -енк- может указывать на украинское или белорусское происхождение прозвища (Губаченко — «маленький Губа»), но в случае с Губачековой мы имеем дело с чисто русской патронимической моделью.