Фамилия Губаев образована от прозвища Губа. Так могли шутливо называть обладателя больших, толстых губ, либо обидчивого, напыщенного человека, то есть того, который «гнёт губу». Не исключена связь данной фамилии и с тюркским именем Губа, которое переводится на русский язык как «возвышенный». Возможно также и то, что слово «губа» употреблялось как мирское имя. В некоторых диалектах губами называют вид грибов. Веселовского упоминаются: Яков Михайлович Губа Викентьев, 1479 г.; Михаил Губа Стогинин, 1507г., Белоозеро.