Фамилия Губаев образована от прозвища Губа. В русской традиции так могли прозвать обладателя больших, толстых губ или, напротив, человека обидчивого и напыщенного — того, кто «гнёт губу». Однако это лишь одна из версий. В тюркских языках существует имя Губа, означающее «возвышенный», и не исключено, что фамилия имеет восточные корни.

Слово «губа» могло употребляться и как мирское имя — дохристианское, не связанное с крестильным именем. В некоторых русских диалектах губами называют вид грибов, что добавляет ещё один возможный источник прозвища. Историк С. Б. Веселовский в своих трудах фиксирует ранние упоминания: Яков Михайлович Губа Викентьев (1479 год) и Михаил Губа Стогинин (1507 год, Белоозеро). Эти записи подтверждают, что прозвище было распространено уже в XV–XVI веках.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Губаев — сын Губы. Модель образования типична для русских фамилий, но основа может быть как славянской, так и заимствованной. В отличие от более частых фамилий вроде Губин (тоже от «губа»), Губаев встречается реже и чаще фиксируется в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает возможное тюркское влияние. Таким образом, происхождение фамилии — не однозначный ответ, а скорее пересечение нескольких языковых и культурных традиций.