Фамилия Губарев образована от прозвища Губарь, которое давали человеку с большими, полными губами — бросающаяся в глаза черта внешности легко становилась основой для уличного именования. Такие прозвища на Руси были распространены: они точно и без обиняков описывали человека, а со временем закреплялись за его потомками уже как фамилия.

Первые упоминания родственных именований относятся к концу XV века. В записях историка Степана Веселовского фигурирует крестьянин Иван Губарь из Новгорода (1495 год). Чуть позже, в 1610 году, упоминается дворянин Алексей Иванович Губарев — потомок выходца из Смоленска. Оба примера показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества: и среди крестьян, и среди служилых людей.

Словообразовательная модель проста: к основе «Губарь» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, означающий «сын Губаря» или «из семьи Губаря». Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, она указывает на прямое родство с человеком, носившим прозвище.

Род Губаревых имеет свою дворянскую ветвь. Основателем древнейшего из родов считается Тимофей Дмитриевич Губарев — воевода великого князя Василия Ивановича. В 1514 году он попал в плен к полякам в бою на реке Крапивне. Другой представитель, Богдан Семенович Губарев, боярский сын из Переславль-Залесского, получил поместья в 1607 году. Этот род записан в VI часть родословной книги Московской губернии, а его герб внесён в IV часть «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи»: в верхней голубой части изображён камень, в нижней красной — выходящая из облаков рука, держащая три золотые стрелы.

Среди известных носителей фамилии — советский детский писатель Виталий Георгиевич Губарев (1912–1981), автор «Королевства кривых зеркал», и космонавт Алексей Александрович Губарев (род. 1931), дважды Герой Советского Союза. Оба — потомки тех самых Губарей, чьи прозвища когда-то родились из простой и яркой приметы внешности.