Фамилия Губарев (в форме множественного числа — Губаревы) образована от прозвища Губарь. В старину так называли человека с полными, крупными губами. Прозвище указывало на внешнюю примету предка и относилось к разряду «личных» именований, которые закреплялись за человеком в быту до появления обязательных фамилий.

Словообразовательная модель проста: к основе «губарь» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Фамилии на -ев, как и на -ов, означали «чей?» — то есть сын, потомок Губаря. Форма Губаревы — это уже родовое обозначение, указывающее на целую семью или династию.

Первые письменные упоминания родственных именований восходят к концу XV века. В исследованиях С. Б. Веселовского зафиксирован крестьянин Иван Губарь из Новгорода (1495 год). Чуть позже, в 1610 году, упоминается дворянин Алексей Иванович Губарев, потомок выходца из Смоленска. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных социальных слоях — и среди крестьян, и среди служилых людей.

Дворянская ветвь Губаревых прослеживается с XVI века. Родоначальником одного из старейших родов считают Тимофея Дмитриевича Губарева, воеводу великого князя Василия Ивановича. В 1514 году он попал в польский плен в бою на реке Крапивне. Богдан Семенович Губарев, боярский сын из Переславль-Залесского, получил поместья в 1607 году. Этот род записан в VI часть родословной книги Московской губернии, что говорит о его древности и принадлежности к столбовому дворянству. Герб Губаревых внесен в IV часть «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи»: в верхней, голубой части щита изображен камень; в нижней, красной — выходящая из облака рука, держащая три золотые стрелы.

Среди известных носителей фамилии — Виталий Георгиевич Губарев (1912–1981), советский детский писатель, автор повести «Королевство кривых зеркал», и Алексей Александрович Губарев (род. 1931), космонавт, дважды Герой Советского Союза.

Важно понимать: фамилия Губарев (Губаревы) могла возникать в разных местах независимо. Прозвище Губарь было распространено, и в каждом регионе, где оно бытовало, могла сложиться своя ветвь рода. Поэтому окончательные выводы о происхождении конкретной семьи требуют генеалогического исследования, а не только лингвистического разбора.