Фамилия Губарь — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. В основе лежит древнерусское слово «губарь» — так в XV веке называли человека с толстыми, выдающимися губами. Но было и второе, переносное значение: «губарём» могли прозвать обидчивого, надутого человека, который «губы дует».

Первые письменные свидетельства относятся к концу XV века. В исследованиях С. Б. Веселовского зафиксированы два ранних носителя: Иван Губарь, крестьянин из новгородских земель (1495 год), и Алексей Иванович Губарь, дворянин, потомок выходца из Смоленска (1610 год). Эта пара показывает, что прозвище бытовало в разных сословиях — и среди крестьян, и среди служилых людей. Дворянская ветвь, вероятно, вела происхождение от смоленского переселенца, что указывает на западное, возможно, белорусское или украинское влияние: в украинском языке «губа» означает «гриб», и «губарь» могло быть прозвищем грибника. Эта версия менее вероятна для северных регионов, но для смоленских земель вполне правдоподобна.

Известный носитель фамилии в новейшее время — Олег Иосифович Губарь (род. 1947), одесский прозаик, журналист и краевед. Он автор десятков книг по истории Одессы, и его фамилия стала узнаваемой в литературных кругах. В целом фамилия Губарь встречается нечасто и тяготеет к южным и западным областям России, Украине и Белоруссии, что подтверждает её возможную связь с западнорусскими говорами.