Фамилия Губарева (и её вариант Губарёва) происходит от прозвища Губарь. В старину так называли человека с большими, пухлыми губами — прозвище указывало на внешность. Но было и второе, переносное значение: Губарем могли прозвать обидчивого человека, который часто «надувает губы». Обе версии имеют право на существование, и какая из них легла в основу конкретной фамилии, сегодня сказать сложно.

Фамилия старая, и это подтверждают документы. Уже в конце XV века, в 1495 году, в Новгороде записан крестьянин Иван Губарь. В 1610 году упоминается дворянин Алексей Иванович Губарев, потомок выходца из Смоленска. Эти записи показывают, что прозвище не было редкостью и быстро закрепилось в качестве родового имени.

В истории России известно несколько дворянских родов Губаревых. Самый древний из них ведет начало от Тимофея Дмитриевича Губарева, воеводы великого князя Василия Ивановича. В 1514 году в бою на реке Крапивне он попал в плен к полякам. Другой представитель, Богдан Семенович Губарев, боярский сын из Переславль-Залесского, получил поместья в 1607 году. Этот род записан в VI часть родословной книги Московской губернии, а его герб внесен в «Общий гербовник дворянских родов Всероссийской империи»: в верхней голубой части щита изображен камень, в нижней красной — выходящая из облаков рука, держащая три золотые стрелы.

Известные носители фамилии — Виталий Георгиевич Губарев (1912–1981), советский детский писатель, автор «Королевства кривых зеркал», и Алексей Александрович Губарев (р. 1931), космонавт, дважды Герой Советского Союза, совершивший полеты в 1975 и 1978 годах.