Фамилия Губанов происходит от прозвища Губан, и её происхождение стоит искать не в одном, а в двух возможных значениях этого слова. Первое — самое прямое: губаном на Руси называли человека с большими, пухлыми или отвислыми губами. Такое прозвище было описательным, указывало на внешность и не несло обязательной негативной окраски. Второе значение — переносное: губаном могли прозвать обидчивого человека, который часто «надувает губы». Оба варианта имеют право на жизнь, но первое, основанное на внешнем признаке, встречается в прозвищах чаще и выглядит более вероятным.

Фамилия эта довольно старая. В документах XV–XVII веков встречается сразу несколько носителей. Самый ранний из известных — Иван Губанов, новгородский крестьянин, записанный в 1495 году. Чуть позже, в 1555 году, упоминается «гость» (то есть купец, ведущий иногороднюю или иностранную торговлю) Иван Губанов, которого свели на житье в Казань — это говорит о том, что фамилия уже тогда бытовала в разных слоях общества. В 1610 году фигурирует Алексей Иванович Губанов, дворянин, потомок выходца из Смоленска. А в 1627 году снова записан крестьянин Иван Губанов. Таким образом, уже в XVI — начале XVII века Губановы встречались и среди крестьян, и среди купцов, и среди дворян.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: от прозвища (Губан) с помощью притяжательного суффикса -ов, который указывает на принадлежность — «сын Губана» или «из рода Губана». По этой же схеме образованы тысячи русских фамилий, и Губанов здесь стоит в ряду таких же «прозвищных» фамилий, как, скажем, Лобанов или Носов.

Известных носителей фамилии немало. Самый яркий, пожалуй, Леонид Георгиевич Губанов (1946–1983) — русский поэт, основатель неофициального литературного объединения СМОГ, одна из ключевых фигур московского андеграунда 1960-х. Его фамилия сегодня известна шире, чем исходное прозвище, от которого она произошла.