Фамилия Губаненко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, первоначально означал «сын» или «потомок»: Губаненко — буквально «сын Губана». В основе лежит прозвище Губан, которое в старой русской и украинской среде могло иметь два совершенно разных значения.

Первое и самое очевидное — от слова «губа». Губаном называли человека с большими, толстыми или отвислыми губами. Такие прозвища по внешним чертам давали беззлобно, но метко. Второе значение — профессиональное. В южнорусских и украинских говорах «губан» — это гриб-подосиновик или подберёзовик. Собирателей грибов или торговцев ими тоже могли окрестить Губаном. Какая версия верна для конкретного предка — сказать уже невозможно, но обе правдоподобны и бытовали в народе.

Фамилия Губаненко однозначно указывает на украинское происхождение. Суффикс -енко начал активно формировать фамилии в Поднепровье и Левобережной Украине примерно с XVI–XVII веков. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по отцу (Губанов), украинская модель на -енко была более демократичной и долгое время не была закреплена за дворянством или казачьей старшиной. Губаненко — фамилия крестьянская, мещанская или казачья.

Стоит отметить, что фамилия Губаненко встречается и в России, но это результат миграций XVIII–XX веков, когда украинские крестьяне переселялись на Кубань, Дон, в Поволжье и Сибирь. В Украинском государственном реестре фамилия распространена преимущественно в центральных и восточных областях — Полтавской, Черкасской, Днепропетровской. В западных регионах, где преобладают фамилии на -ук, -юк, -ак, она редка.

Однокоренные фамилии — Губанов (русская), Губань (украинская без суффикса), Губаневич (белорусская). Все они восходят к тому же прозвищу Губан, но различаются по суффиксам, указывающим на регион и эпоху оформления фамилии. Если Губанов мог появиться в Московской Руси, то Губаненко — уже в Речи Посполитой на украинских землях.