Фамилия Губанихин — редкий случай, когда прозвище «застыло» не в мужской, а в женской форме. В её основе лежит слово «губаниха» — так в северных и сибирских говорах называли женщину с большими или толстыми губами, а также крикунью, бранчливую бабу (от глагола «губанить» — кричать, браниться). Фамилия образована по типичной русской модели: берётся женское прозвище на -иха (Губаниха) и прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Губанихин, то есть сын или потомок Губанихи.

Такая словообразовательная цепочка характерна для северных регионов России, особенно для Архангельской, Вологодской областей и Урала. В этих местах фамилии на -ихин (от женских прозвищ на -иха) встречаются чаще, чем в средней полосе. Если бы прозвище было мужским, фамилия звучала бы как Губанов или Губанин. Но форма на -ихин сохраняет память о том, что родоначальником фамилии была женщина — либо вдова, либо властная хозяйка, чьё прозвище закрепилось за детьми.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом: в некоторых документах встречается название деревни Губаниха (например, в бывшей Вятской губернии). Тогда Губанихин — это «выходец из Губанихи», а основа фамилии — название населённого пункта, образованное от того же прозвища. Но поскольку деревни с таким именем редки и сами восходят к прозвищу, основная версия остаётся антропонимической.

Фамилия Губанихин не принадлежала дворянству: её носители — почти наверняка крестьяне или посадские люди. Встречается она крайне редко, сосредоточена в основном в Кировской области, Пермском крае и на Урале. По сути, это один из примеров «материнских» фамилий, которые в русской ономастике составляют небольшую, но выразительную группу.