Фамилия Губанина — женская форма от Губанин, и её разумнее разбирать именно в мужском варианте, так как основу заложил предок-мужчина. Губанин образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Губанин, то есть сын Губани. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Губаня.

Что значит само слово «Губаня»? В русских говорах так называли человека с большими, толстыми или отвислыми губами. Это чисто внешняя, бросающаяся в глаза примета, по которой в деревне легко могли дать прозвище. В словаре Даля «губан» — губастый человек, а уменьшительная форма «Губаня» звучит скорее как бытовое, даже ласкательное прозвище, которое со временем закрепилось за родом.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых регионах «губанить» означало «брать взятки, поживляться за чужой счёт». Если предок промышлял поборами или был корыстным, его могли прозвать Губаней за склонность к «губе» — взятке. Но эта гипотеза слабее: прозвища по физическому недостатку встречаются в сотни раз чаще, чем по абстрактному пороку.

Фамилия Губанина встречается в нескольких регионах России, но заметно чаще — в северных и центральных областях, особенно в Вологодской, Архангельской, а также в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище бытовало именно в севернорусских говорах. Встречаются и однокоренные фамилии: Губанов, Губарев, Губкин — все они образованы от разных форм одного корня «губ-», но Губанин стоит особняком благодаря суффиксу -аня, который придаёт прозвищу более личный, внутрисемейный оттенок.

Таким образом, носитель фамилии Губанин (а значит, и Губанина) скорее всего потомок человека, которого в XVI–XVII веках прозвали Губаней за заметные губы. Никакого отношения к географии (губа как залив) эта фамилия не имеет — это народная этимология, не подтверждённая ономастикой.