Фамилия Губанюк — яркий пример того, как географическая привязка и суффикс помогают определить происхождение. В основе лежит прозвище Губан, Губатый или Губаня. Такое прозвище на Руси давали человеку с заметными, толстыми или оттопыренными губами, либо тому, кто имел привычку надувать губы, то есть обидчивому или капризному. Слово «губан» в ряде говоров также означало «гриб-подберёзовик» или «рыба-губан» (вид бычка), но в основе фамилии, скорее всего, лежит именно внешний признак — самая частая модель для русских и украинских прозвищ.

Ключевой элемент — суффикс -юк. Это типичный украинский патронимический суффикс, указывающий на «малого» или «потомка»: Губанюк буквально значит «сын Губана» или «маленький Губан». Такие фамилии особенно распространены на Правобережной Украине, в Подолье, на Волыни и в западных областях. В отличие от русского суффикса -ов (Губанов), украинский -юк говорит о более позднем оформлении фамилии и о том, что предки жили в зоне влияния украинской антропонимической традиции.

Интересно, что фамилия Губанюк может иметь и вторую, менее очевидную версию происхождения — от имени Губан, которое в древности могло быть не прозвищем, а мирским именем-оберегом. Считалось, что если назвать ребёнка Губаном, то он вырастет красивым и статным — «наоборот» от прозвища. Однако эта гипотеза менее убедительна: для обережных имён чаще использовали названия животных или абстрактные понятия, а не черты внешности.

В польском языке существует слово «gęba» (морда, лицо), от которого могло произойти аналогичное прозвище Gęban. На территориях, где смешивались польское и украинское население (например, в Галичине), фамилия могла писаться как Gębaniuk, но в русской передаче закрепился вариант через «у». Встречаются и однокоренные фамилии: Губанов, Губатый, Губа, Губаненко — все они восходят к тому же корню, но различаются по суффиксам, указывающим на регион: -ов для севера и центра России, -енко для востока Украины, -юк для запада.

Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Губанюков нет. Это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая не ранее XVI–XVII веков, когда прозвища начали закрепляться за родами. Носители фамилии встречаются в современных записях преимущественно в Винницкой, Хмельницкой и Житомирской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.