Фамилия Губаков образована от прозвища Губак. В русских говорах «губаком» называли человека с толстыми, большими или отвислыми губами — то есть прозвище давалось по заметной внешней примете. Такие «портретные» фамилии — одни из самых древних в русской ономастике: они закреплялись за человеком в быту, а затем переходили к его детям уже как наследственное имя.

Суффикс -ов указывает на типичную патронимическую модель: Губаков буквально означает «сын Губака». Фамилия стоит в ряду однокоренных — Губин, Губкин, Губарев. Но если Губин мог произойти и от имени Губа (краткой формы Гурий или Евгул), то Губаков почти наверняка от прозвища: суффикс -ак в основе — активный словообразовательный элемент, характерный именно для прозвищ (ср. Гуляк, Кривляк, Добряк). Это делает версию с внешностью основной.

Встречаемость фамилии невысокая, но она фиксируется в разных регионах — от центральной России до Урала. Вероятно, прозвище Губак могло закрепиться и в среде крестьян, и среди посадских людей: в документах XVI–XVII веков встречаются Губаки, Губаковы, но массовая фамилия стала оформляться после отмены крепостного права, когда крестьянам потребовались официальные фамилии. Тогда же «Губаков» могло быть записано по прозвищу предка, которое до этого бытовало лишь в устной традиции.

Если отбросить маловероятные версии — например, связь с географическим названием Губаково (такие деревни есть, но они, скорее, сами названы по фамилии первопоселенца), — то этимология прозрачна: «человек с приметными губами». Никакой тайны, но зато живая деталь, по которой в деревне узнавали конкретного человека три-четыре века назад.