Фамилия Губанков образована от прозвища Губанок. В старину губаном называли человека с толстыми губами или, в переносном смысле, обидчивого, «надутого». Так что фамилия могла указывать либо на внешность предка, либо на его характер — и то и другое было распространённой причиной для прозвища.

Модель образования простая: к основе «Губанок» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Суффикс -ок в прозвище уменьшительный, но не ласкательный: так могли называть молодого парня или просто человека с яркой чертой. Фамилии на -ков (Губанков, а не Губанов) встречаются реже, чем на -ов, и часто указывают на вариант исходного прозвища с суффиксом -ок.

Фамилии с корнем «губ» известны с XV века. В документах упоминаются Иван Губанов, новгородский крестьянин 1495 года, и Иван Губанов, купец (гость), которого в 1555 году переселили в Казань. Встречаются и дворяне: Алексей Иванович Губанов, потомок смоленского выходца, упомянут в 1610 году. Губанков — более поздняя ветвь того же гнезда фамилий. Судя по географии ранних записей, корни фамилии лежат в северо-западных и центральных русских землях.