Фамилия Губанкова — женская форма, а её мужской вариант — Губанков. В основе лежит прозвище Губанок. Суффикс -ок в прозвищах часто придавал уменьшительный или «принадлежащий» оттенок: Губанок — это либо «маленький Губан», либо «сын Губана». Само слово «губан» в русских говорах означало человека с большими или толстыми губами. Но не только: в некоторых областях «губаней» называли обидчивого, плаксивого или надутого человека, который «губы дует». Так что фамилия могла закрепиться и за внешностью предка, и за его характером.

Фамилии на -ов/-ев и -ин — самые распространённые в России, но форма Губанков встречается реже, чем Губанов. Это говорит о том, что прозвище Губанок было локальным или семейным, не вытеснившим более простой вариант. Документы XV–XVII веков фиксируют людей с основой «губ»: Иван Губанов, крестьянин из Новгорода (1495 г.); Губанов Иван, гость (крупный купец), в 1555 году переселённый в Казань; Алексей Иванович Губанов, дворянин из смоленских выходцев (1610 г.). Прямых упоминаний Губанка в этих источниках нет, но модель очевидна: сначала человека дразнили Губаном или Губанком, а его дети и внуки уже писались Губановыми или Губанковыми.

По сословной принадлежности предки Губанковых могли быть кем угодно — от крестьян до посадских людей. Дворянская ветвь Губановых известна, но фамилия Губанков в гербовники не входила, что типично для прозвищной фамилии, закрепившейся в простонародной среде.