Фамилия Губанковы (в мужском варианте — Губанков) образована от прозвища Губанок. На Руси так называли человека с толстыми губами и вообще с крупным ртом, а в переносном смысле — обидчивого, надутого человека, который ходит «надув губы». Судя по тому, что основа «губ» встречается в документах уже в XV веке, прозвище это было живым и распространённым. В новгородских писцовых книгах 1495 года упомянут крестьянин Иван Губанов, а в 1555 году — гость (крупный купец) Иван Губанов, которого царь Иван Грозный переселил в Казань. Есть и дворянская ветвь: Алексей Иванович Губанов, потомок смоленского выходца, упоминается в 1610 году. Таким образом, прозвище давали людям разного сословия — и крестьянам, и купцам, и служилым людям.

Фамилия Губанков отличается от Губанова суффиксом. Суффикс -ок в основе Губанок указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму прозвища: не просто Губан, а Губанок — возможно, младший или менее заметный носитель того же признака. Фамилии на -ков (через -ок) — более редкая модель, чем на -ов, и встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, где уменьшительные имена и прозвища были особенно в ходу.

О точном месте возникновения фамилии Губанков говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии растянулся на несколько столетий. Но ясно, что предок носителей этой фамилии получил своё прозвище по внешности или по характеру, и оно оказалось настолько цепким, что пережило века.