Фамилия Губадов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Губадов буквально значит «сын Губада» или «человек из рода Губада». Основа фамилии — личное имя или прозвище Губад. В русских говорах слово «губад» не фиксируется, поэтому корень, скорее всего, тюркский. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Губад (Гобәд) восходит к арабскому «губад» — «усердный в служении», «богомольный». Это имя встречается у мусульманских народов Поволжья и Приуралья.

География фамилии подтверждает эту версию. Губадовы — нечастая фамилия, но её концентрация заметна в Татарстане, Башкортостане и соседних областях, где веками жили тюркские народы. В русской среде фамилия могла появиться через крещёных татар или башкир, либо через миграцию. Интересно, что фамилия сохранила ударение на последнем слоге — Губадо́в, что типично для тюркских заимствований, адаптированных русским суффиксом.

В отличие от более известных фамилий на -ов (Иванов, Петров), Губадов не имеет массового распространения и не связан с каким-либо сословием. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками, а само имя Губад давалось при рождении как пожелание благочестия. Встречается и вариант написания Губатов — с заменой «д» на «т», что объясняется оглушением в конце слова в устной речи, но исходная форма именно Губадов.