Фамилия Губатов образована от прозвища Губат. В русских говорах «губатый» означало «толстогубый», «с большой нижней губой». Прозвище давали по заметной внешней черте — человеку, у которого губы выделялись размером или формой. Такие прозвища, основанные на физических особенностях, в XV–XVII веках были обычным делом: они не несли оскорбительного оттенка, а просто служили бытовым указателем. Позже прозвище Губат превратилось в фамилию через патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность: «сын Губата».

Интересно, что в отличие от фамилий Губин или Губкин, где основа та же, но суффиксы разные (-ин, -к-ин), Губатов сохранил более архаичную форму. Суффикс -ов здесь присоединился к полному прозвищу, а не к сокращённой основе, что встречается реже. Это может указывать на более позднее оформление фамилии или на региональные особенности — в северных и центральных губерниях России -ов-фамилии преобладали, и Губатов мог закрепиться именно там.

В словаре Веселовского «Ономастикон» и в работах Унбегана похожие фамилии разбираются как типичные для крестьянской и посадской среды. Дворянских родов с фамилией Губатов не зафиксировано — скорее всего, предки носителя были крестьянами или ремесленниками. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: возможно, от одного прозвища в конкретной волости.

Таким образом, Губатов — фамилия, прямо и без затей описывавшая внешность родоначальника. Никакой тайны, только живая русская речь и привычка называть человека по тому, что видно сразу.