Фамилия Губатова — женская форма фамилии Губатов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Губатый. В русской традиции прозвища, оканчивающиеся на -атый, давали людям с ярко выраженными чертами внешности: Губатый — человек с большими, толстыми или отвислыми губами. Такая модель словообразования (основа прилагательного + суффикс -ов) характерна для «прозвищных» фамилий: она просто указывает на принадлежность роду Губатых. Никакой иной, более древней или книжной версии, вроде связи с тюркским словом «губа» (гора) или с географическим названием, для этой фамилии не предлагается — основа лежит на поверхности и подтверждается сотнями аналогичных случаев (Рыжатый, Носатый, Щербатый).

В русских говорах слово «губа» могло означать не только часть лица, но и съедобный гриб (подосиновик, подберёзовик), а также залив или заводь. Однако фамилия Губатов образована именно от прилагательного «губатый», а не от существительного «губа» — это видно по суффиксу -ат-. Если бы в основе лежал гриб или географический объект, фамилия звучала бы как Губин (от «губа» в значении «губа» или «залив») или Губкин (от уменьшительной формы). Поэтому версия с внешностью — единственная обоснованная.

Географически фамилия Губатов (и Губатова) встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, а также среди казачества. Это указывает на то, что прозвище Губатый было распространено в среде крестьян и однодворцев, где внешние приметы служили главным способом идентификации человека в общине. В дворянских родах фамилия не зафиксирована — она явно простонародная, что подтверждается и отсутствием в родословных книгах.

С точки зрения словообразования, фамилия Губатова стоит в одном ряду с такими же «портретными» фамилиями, как Усатов, Бородатов, Лобатов. Все они образованы по одной схеме: прилагательное на -атый + фамильный суффикс -ов/-ев. Такие фамилии редко давали в официальных документах (при переписях или рекрутских наборах) — чаще они закреплялись в быту, а затем переходили в паспорта уже в XIX веке. Поэтому носительница фамилии Губатова может быть уверена: её предок был заметным человеком в деревне — не в переносном смысле, а в самом прямом, по губам.