Фамилия Губатенко образована от прозвища Губатый. В её основе лежит украинская модель с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на территории современной Украины и означал «сын» или «потомок». Изначально Губатенко — не просто фамилия, а отчество: «чей?» — Губатенко, то есть сын Губатого. Такая модель была особенно распространена в казацкой среде и среди крестьян Левобережной Украины, где суффикс -енко со временем вытеснил другие формы и стал типичным фамильным окончанием.

Прозвище Губатый, от которого всё пошло, скорее всего, получил человек с заметной внешней чертой — толстогубым ртом. В народе губы нередко связывали и с характером: «губу надуть» означало обидеться, поэтому прозвище могли дать обидчивому, капризному человеку. В старину такие прозвища были точными и ёмкими — они заменяли фамилию, а позже, перейдя в наследственное имя, закрепились за потомками.

Интересно, что фамилия Губатенко сохранила не только корень, но и архаичное ударение, типичное для украинских фамилий на -енко. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где ударение чаще падает на основу, в Губатенко оно стабильно приходится на суффикс. Это одна из деталей, которая сразу указывает на регион происхождения — южнорусские земли, где фамилии на -енко были массовыми.

Встречается Губатенко и в вариантах с чередованием корня: изредка можно увидеть написание Губятенко или Губаненко, но основная форма закрепилась с «а» в суффиксе. По данным современных справочников, фамилия распространена в Сумской, Полтавской и Черниговской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и Дальнем Востоке.