Фамилия Губатян — яркий пример антропонимической модели, по которой строятся фамилии в Закавказье, в первую очередь у армян. Ключевой элемент здесь — суффикс -ян (в старой орфографии -янц), который означает принадлежность или происхождение: «из рода такого-то», «сын такого-то». Поэтому Губатян — это «из рода Губата» или «потомок Губата».

Основа фамилии — мужское личное имя Губат, которое имеет арабское происхождение и восходит к слову «губат» (غُبَة) — «гнев», «ярость». В мусульманской традиции имя с таким значением могло даваться с пожеланием, чтобы мальчик вырос сильным, «грозным» для врагов, или же как оберег — чтобы злые силы обошли его стороной. Имя Губат встречается у народов, испытавших влияние ислама и арабской культуры, в том числе у тюркских народов, с которыми армяне веками жили рядом.

В армянскую среду имя Губат попало, скорее всего, через тюркское посредничество в период активных контактов в Закавказье. Фамилии на -ян в основной массе закрепились за армянами в XIX веке, когда Российская империя проводила переписи и паспортизацию, фиксируя родовые прозвища как наследственные. Поэтому Губатян — не старая дворянская фамилия, а сравнительно поздняя фамилия простых людей, ремесленников или крестьян, которую записали по имени отца или деда.

Интересно, что фамилия Губатян имеет однокоренные варианты, различающиеся суффиксами: Губатов (русская модель) или Губатлы (тюркская модель). Это говорит о том, что основа бытовала у разных народов, и каждый обрамлял её по-своему. В случае с Губатян перед нами типично армянский способ образования, и носители фамилии, скорее всего, имеют армянские корни, возможно, из регионов с компактным проживанием армян на территории современной Турции или в Восточной Армении.

Других версий происхождения, например от славянского слова «губа» (часть лица), у этой фамилии нет: она не вписывается ни в русскую, ни в украинскую словообразовательную модель. Всё указывает на южное, закавказское происхождение.