Фамилия Губалева — женская форма фамилии Губалев, и её происхождение связано с прозвищем или мирским именем, которое давали человеку на Руси. Основа фамилии — «Губал» или «Губаль». В русском языке суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Губалев буквально означал «сын Губаля» или «человек из рода Губаля».

Само слово «Губаль» — неканоническое, то есть нецерковное имя или прозвище. Наиболее вероятная версия связывает его с глаголом «губить» (в старом значении «портить, уничтожать»). Прозвище Губал могли дать человеку с крутым нравом, тому, кто «губил» врагов или противников в споре. Однако не стоит исключать и более бытовую трактовку: в некоторых говорах «губа» означала гриб, а «губаль» — грибника или человека, похожего на гриб (например, с крупной головой или шапкой волос). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «губа» в значении «залив», тогда прозвище могло относиться к жителю устья реки или берега.

Модель образования фамилии — патронимическая (по отцу), с суффиксом «-ев», что характерно для большинства русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный. Сама фамилия Губалев не относится к числу очень распространённых, но встречается в центральных областях России и на Урале. В документах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с похожими прозвищами, но конкретный носитель фамилии Губалев в старых источниках не зафиксирован широко.

С точки зрения социального происхождения, Губалевы, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: фамилия не несёт признаков дворянского или духовного сословия (отсутствие суффиксов «-ский» или «-ич»). Ономасты, такие как Б. Унбегаун, относят подобные образования к «простым» народным фамилиям, возникшим из бытовых прозвищ. Таким образом, корни фамилии Губалева уходят в повседневную жизнь Древней Руси, где человека могли назвать по его характеру, занятию или внешней особенности, а потом это прозвище закрепилось за его потомками.