Фамилия Губокова образована от прозвища или нецерковного имени Губок — уменьшительной формы от «губа». В русской ономастике суффикс -ок часто указывал на человека с заметной чертой внешности: большими, пухлыми или чем-то примечательными губами. Прозвища по частям лица — губа, нос, ухо, лоб — были распространены в Древней Руси, так как давали точную и запоминающуюся характеристику человеку. Со временем такие прозвища закреплялись за потомками в виде фамилий.

Модель образования типична для русского севера и центра: основа на твёрдый согласный (Губок) плюс притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Губоков сын). Женская форма Губокова — это вариант, который носят потомки по женской линии или замужние женщины, взявшие фамилию мужа. Мужской вариант — Губоков.

Вероятные параллели — фамилии Губин, Губанов, Губарев. Все они восходят к той же основе «губа», но с разными суффиксами. Губоков стоит особняком: форма с -ок встречается реже, что делает фамилию более локальной. Скорее всего, она возникла в одной из северных или центральных губерний России, где уменьшительные прозвища на -ок были особенно употребительны. По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с такой фамилией не фиксируются в известных родословных книгах.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Губок связывают с диалектным словом «губок» — гриб (губчатый), но это менее вероятно: в народной среде прозвище по грибу встречается реже, чем по внешности. К тому же, если бы основа была «гриб», фамилия скорее приняла бы форму Губков, а не Губоков. Поэтому версия с губой как частью лица остаётся основной.