Фамилия Губскова — женская форма фамилии Губсков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Губской или Губский. Чтобы понять корень, нужно разобраться с географией. Самая вероятная версия — связь с названием населённого пункта: Губск, Губа, Губки или Губское. Такие топонимы встречаются в разных регионах России, особенно на севере и в центральной полосе, где слово «губа» означало не только часть лица, но и залив, изгиб реки или даже небольшой заливной луг. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвище Губской — «тот, кто с Губы». Суффикс -ск- в основе указывает на принадлежность к местности, что типично для фамилий, возникших из географических названий.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Губка, данного человеку с полными, чувствительными губами или, в переносном смысле, обидчивому, «надутому». В этом случае фамилия образовалась бы через патроним Губкин, а затем, из-за особенностей произношения или записи, могла перейти в Губсков. Однако такая цепочка менее вероятна: суффикс -ск- в фамилиях, как правило, маркирует именно топонимическое происхождение, а не личное прозвище. Для сравнения: фамилии Губин, Губкин — очевидные «прозвищные», а Губский, Губсков — «географические».

Фамилия Губскова относительно редкая. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянских или мещанских слоёв, получивших фамилию после отмены крепостного права в 1861 году, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по месту прежнего жительства. Если предки были из деревни Губское или Губки, то фамилия закрепилась как указание на их малую родину. В документах XIX века такую фамилию могли записать с вариациями: Губсков, Губской, Губский — единой нормы не было. Сегодня форма Губскова встречается в основном в центральных и южных областях России, но точной статистики по ней нет.