Фамилия Губсков — одна из тех, что построена по редкой словообразовательной модели. Самый частый суффикс русских фамилий — -ов: Иванов, Петров. Но если основа оканчивается на к, ч, ц, то стандартный суффикс -ов даёт неблагозвучное сочетание, и его заменяют на -ев: к примеру, от прозвища Губок — Губков. Однако в нашем случае мы видим суффикс -ск-, который обычно принадлежит фамилиям дворянского или географического происхождения (Трубецкой, Вяземский). Здесь же он присоединился к основе Губк-, и получилось Губсков. Это нетипично: скорее всего, фамилия образована не напрямую от прозвища, а от названия села или деревни, например, Губково. Такие названия встречаются в центральной России и на Урале. Тогда предок носителя фамилии — выходец из этого села, «губковский», то есть из Губкова.

Что касается корня. Основа — губк- — может восходить к слову «губка» (маленькая губа) или к «губок» (гриб, губчатый нарост). В старых русских говорах «губкой» называли не только часть лица, но и человека с пухлыми или капризными губами, а также плаксу. Есть и другая версия: от диалектного «губеть» — грубеть, черстветь. Тогда Губок — прозвище сурового, нелюдимого человека. Однако, учитывая суффикс -ск-, более вероятно, что фамилия не прозвищная, а топонимическая: предок был помещиком или крестьянином, переселённым из деревни Губково.

В документах фамилия Губсков встречается с XVII века, преимущественно в южнорусских и поволжских областях. Это не массовая фамилия, что делает её интересной для локальной истории. Носители, скорее всего, не принадлежали к высшей знати, а были однодворцами или государственными крестьянами.