Фамилия Губськый с суффиксом -ск- явно указывает на географическое происхождение: её получил человек, связанный с местом под названием Губка, Губь или Губы. Такие фамилии на -ский/-цкий в восточнославянской традиции чаще всего носили дворяне по названию своего поместья, но на практике их давали и крестьянам, переселившимся из конкретной деревни. В данном случае основа «Губ-» может восходить к нескольким корням. Первый и самый прямой — от слова «губа»: либо в значении «часть лица» (прозвище по внешности), либо как старый географический термин, означавший «залив», «излучину реки» или «болотистую низину». Второй вариант — от древнерусского «губь» (губитель, разоритель) или от глагола «губить», что давало прозвище суровому человеку.

Написание через «ый» (Губськый) вместо привычного «ий» (Губский) — характерная черта украинской орфографической традиции XIX — начала XX века, когда после губных согласных в окончаниях прилагательных писали «ы». Это указывает на то, что носитель фамилии или его предки происходили с территории, где оформление документов шло под влиянием украинского письма: Левобережье, Слобожанщина, Правобережье. В современных российских метриках фамилия обычно фиксируется как Губский, а форма Губськый сохранилась у потомков эмигрантов или в документах старого образца.

Сравнение с однокоренными фамилиями подкрепляет версию топонимического происхождения. Губский, Губенко, Губин — все они образованы от разных суффиксов, но основа одна. Если Губин — типично русский вариант (чей? — Губа), то Губськый — типично польско-украинский шляхетский или крестьянский «выезжий» вариант. В исторических актах Речи Посполитой встречаются шляхтичи Губские герба Ястржембец, которые владели имением Губка в нынешней Львовской области. Не исключено, что часть носителей фамилии Губськый — потомки именно тех родов, чья фамилия закрепилась в форме с твёрдым окончанием.

Сословная принадлежность у этой фамилии неоднородна. В XIX веке Губских и Губськых можно найти и среди мелкопоместных дворян Волынской губернии, и среди казаков Полтавщины, и среди крестьян Харьковщины. Суффикс -ск- сам по себе не гарантирует дворянства — к XX веку он стал массовым для всех сословий. Поэтому точнее сказать, что предки человека с фамилией Губськый скорее всего жили в селе или хуторе с названием вроде Губка или Губы, а при переписи или получении паспорта их записали по месту выхода, сохранив местное произношение окончания.