Фамилия Гудулина образована от прозвища Гудуля. В её основе лежит несколько возможных значений, и каждое из них по-своему описывает, кем мог быть первый носитель этого имени.

Самая прямая версия отсылает к украинскому глаголу «гудити» — осуждать, хулить, порицать. В новгородских говорах у этого же слова было другое значение: манить, обольщать, обманывать. Значит, Гудулей могли прозвать либо того, кого часто осуждали окружающие, либо плута и мошенника. Есть и другой вариант: корень «гуд» в русских диалектах означал гудение, шум, крик, а также толки, пересуды и сплетни. Тогда прозвище получал человек с гулким, раскатистым голосом или, наоборот, тот, кто любил пустые разговоры и досужие пересуды.

Третья версия связывает прозвище с народным музыкальным инструментом — гудком, родом старинной смычковой скрипки с тремя струнами, плоским дном и без выемок по бокам. В этом случае Гудуля — это гудочник, музыкант, игравший на гудке. Такое прозвище могли дать не только профессиональному музыканту, но и любому, кто любил петь или издавать протяжные звуки.

Фамилия образована по модели на -ин, типичной для русских фамилий от основ на -а, -я: сын Гудули становился Гудулиным. Суффикс -ин указывает на принадлежность, буквально «чей?» — «Гудулин», то есть потомок Гудули. Встречается эта фамилия преимущественно в центральных и северо-западных регионах России, что согласуется с новгородскими корнями прозвища.