Фамилия Гудушкин — не самая частотная, но её происхождение прослеживается достаточно прозрачно, хотя и не без вариантов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Гудушка, а оно, в свою очередь, образовано от глагола «гудеть» или от «гудок». Человек, которого в старину прозвали Гудком или Гудушкой, скорее всего, либо постоянно напевал себе под нос, либо играл на каком-нибудь народном инструменте вроде гудка — старинного смычкового инструмента, предка скрипки. Такие прозвища давали музыкантам, певучим людям или просто тем, кто говорил монотонно и протяжно.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Гудушкин — это «сын Гудушки». Фамилия могла закрепиться в среде крестьян или посадских людей, где прозвища часто давались по характерной черте поведения или занятию. Если предок был гудошником (играл на гудке), это могло быть его ремеслом — такие музыканты водились в скоморошьих ватагах и на деревенских праздниках.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «гудун» — так в некоторых говорах называли шмеля или жука, издающего гул. В этом случае прозвище могло быть чисто внешним, образным — человека сравнивали с насекомым за его неугомонность или низкий голос. Однако связь с «гудеть» и музыкой выглядит более прямой и естественной для антропонимии.

С точки зрения географии фамилия Гудушкин не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в центральных и северных областях России, где были сильны традиции народной музыки. Однородные фамилии — Гудков, Гудов, Гудилин — того же корня, но Гудушкин стоит немного особняком благодаря уменьшительно-ласкательному суффиксу -ушк-, который смягчает прозвище и придаёт ему более бытовой, семейный оттенок. Сословно фамилия не элитарная: в дворянских родословных книгах она не зафиксирована, что подтверждает её народное, «прозвищное» происхождение.