Фамилия Гукоян — яркий пример армянской модели фамилеобразования. Её выдает суффикс -ян, один из самых распространённых в армянской ономастике. Он восходит к древнему -янц, что означало «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». Таким образом, Гукоян буквально переводится как «из рода Гуко» или «потомок Гуко».

Корень фамилии — Гук (Гуко) — скорее всего, является личным именем или прозвищем. В армянском языке слово «гук» (գուկ) имеет несколько значений, и самое вероятное из них — «кукушка». Прозвища по птицам давали повсеместно, и они могли указывать на характер человека (например, печальный, одинокий, как кукушка), на его голос или на привычку часто повторять одно и то же. Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от диалектного «гук» в значении «бык» или «вол», что могло указывать на упрямство или физическую силу носителя прозвища.

В отличие от русских фамилий, которые часто образовывались от крестильных имён и закрепились в основном в XVI–XIX веках, армянские фамилии на -ян, -янц, -унц складывались в среде купечества, ремесленников и духовенства, а у крестьян закрепились окончательно только в XIX веке, после приписки к общинам. Поэтому предки Гукоян могли быть не только земледельцами, но и ремесленниками, торговцами или священниками — фамилия не даёт точного указания на сословие, но говорит о древности рода.

Географически фамилия Гукоян встречается в основном среди армян, исторически живших в Западной Армении (территория современной восточной Турции), а также в диаспоре. В России и странах СНГ её носители — потомки переселенцев конца XIX — начала XX века, спасавшихся от геноцида. Из-за особенностей русской транслитерации иногда встречается вариант написания Гукоянц — более старая форма, сохранившая конечный -ц, который в современном языке почти утрачен.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Гукоян стоит в одном ряду с Гукасян, Гукасов, Гукосян — все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами и окончаниями. Это подтверждает, что исходное имя Гук было довольно популярным и давало начало множеству родов.