Фамилия Гулгенов — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная внутренняя форма. Основной ареал фамилии — Бурятия и Забайкальский край, и это сразу подсказывает её вероятное происхождение. Скорее всего, в основе лежит бурятское мужское имя Гулгэн (Гүлгэн). В монгольских и бурятских языках это имя не имеет однозначного перевода, но часто связывается с понятиями «спокойный», «мирный» или же с эпитетом «священный». Русский суффикс -ов превратил имя в фамилию по стандартной модели, принятой при интеграции бурятских родов в имперскую систему учёта.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркским корнем «гүл» (цветок), который дал множество имён вроде Гульнар или Гульмира. Однако для фамилии Гулгенов такая версия слаба: окончание -генов скорее указывает на полную форму имени (Гулген), а не на усечённую основу. К тому же в тюркских языках фамилия чаще звучала бы как Гулов или Гулиев. Бурятское происхождение надёжнее ещё и потому, что в Бурятии фамилия Гулгенов встречается с заметной концентрацией, особенно в Селенгинском и Заиграевском районах.

Если отвлечься от лингвистики и обратиться к социальной истории, то предки современных Гулгеновых, скорее всего, были скотоводами или охотниками из числа бурятских родов, получивших фамилию во второй половине XIX века, когда бурятам начали массово присваивать русские патронимы. В документах того времени имя Гулгэн могло быть записано как Гулген, а затем закрепилось за целым родом. Интересно, что в некоторых бурятских говорах имя произносится с мягким «г» — Гюлгэн, но в русской канцелярской записи оно сохранило твёрдый вариант.

Есть и совсем экзотическая версия, которую иногда встречаешь в любительских генеалогиях: связь с калмыцким словом «гүлгн» (жеребёнок). Но она не выдерживает критики — в калмыцком это слово звучит как «гүлгн» без окончания -енов, и фамилия от него образовывалась бы иначе (например, Гуляев). Так что при всей необычности звучания для русского уха, фамилия Гулгенов — это классический бурятский патроним с прозрачной историей, уходящей корнями в степные имена XIX века.