Фамилия Гундэлэников — почти наверняка искусственная, семинарская. Её выдают два признака: необычный корень и суффикс -ик- в середине, который в русских крестьянских фамилиях встречается редко, а в среде духовенства — сплошь и рядом. В XVIII–XIX веках семинаристам при поступлении нередко меняли фамилии на более благозвучные, книжные или переводили на латынь и греческий. Здесь, скорее всего, та же история.

Основа «гундэлэн» — искажённое или латинизированное греческое слово. Вероятнее всего, от греческого κόνδυλος (kondylos) — «сустав», «кулак», «шишка». В латинской транскрипции это могло выглядеть как condylus, а в русской семинарской передаче превратилось в «гундэл». Суффикс -еник- (сравните: «труженик», «мученик») в фамилиях семинаристов означал «относящийся к», «имеющий отношение». Таким образом, Гундэлэников — это «сын того, кто имеет отношение к суставу» или «происходящий от сустава». Звучит странно, но для духовных училищ, где фамилии выдумывали из медицинских, ботанических и философских терминов, это нормально.

Менее вероятная версия — от тюркского или кавказского корня, например, от слова «гундуз» (бобр) или «гюнделик» (ежедневный). Но суффикс -эников нехарактерен для тюркских языков, а в русских фамилиях из тюркских основ обычно стоят -ов/-ев или -ин. Поэтому семинарское происхождение — самое правдоподобное.

Носители такой фамилии — почти поголовно потомки священно- и церковнослужителей. Встретить Гундэлэникова среди крестьян или купцов маловероятно. Географически фамилия привязана к центральным губерниям России, где были духовные семинарии: Владимирская, Костромская, Ярославская, Рязанская. В современных справочниках она редкая, но не исчезнувшая.

Однокоренных фамилий в русском языке нет — это уникальная словообразовательная модель. Если встретите Гундэленикова или Гундэленицкого, это варианты того же корня, возникшие при переписи или при переезде.