Фамилия Гуныгин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её основу, и здесь возможны два пути.

Первый и самый вероятный вариант: в основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Гуныга. Такие имена давали по внешним или поведенческим признакам. Слово «гуна» в русских говорах означало «ветхая, худая одежда», «рубище», «тряпьё». Соответственно, Гуныгой могли прозвать человека, который ходил в обносках, неряшливо одевался, либо, напротив, занимался починкой старой одежды — был ветошником или тряпичником. Суффикс -ыг(а) в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для экспрессивных, часто пренебрежительных форм (сравните: «бродяга», «бедняга»). Таким образом, Гуныгин — буквально «сын Гуныги», потомок человека с таким прозвищем.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: связь с диалектным глаголом «гуныгать» — «ныть, плакать, хныкать». В некоторых областях так говорили о капризном, плаксивом ребёнке или о ворчливом взрослом. Если прозвище Гуныга возникло от этого глагола, то оно указывало на характер: ворчливый, вечно недовольный человек. Эта версия логична, так как модель образования прозвищ от глаголов через суффикс -ыг(а) тоже встречается (ср. «козырять» — «козырьга»).

Фамилия образована по стандартной русской модели на -ин, указывающей на принадлежность: «чей?» — Гуныгин. Эта модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин часто вытесняли южные формы на -ов. Сословно Гуныгины, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей — прозвища, связанные с бедной одеждой или незнатным ремеслом, редко давали боярам или дворянам.

Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её редкую основу. В дореволюционных метрических книгах Гуныгины изредка фиксируются в Вятской и Пермской губерниях — это косвенно подтверждает севернорусский ареал распространения фамилий на -ин. Однокоренных фамилий мало: например, Гунин (от «гуня»), но Гуныгин стоит отдельно из-за редкого суффикса.