Фамилия Гункин — это классический пример русской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Гункин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Гунка.

Само прозвище Гунка, скорее всего, связано со старым русским словом «гуня». В диалектах гуней называли ветхую, худую одежду, лохмотья или тряпьё. Отсюда разговорное «гунявый» — неопрятный, оборванный. Поэтому первая и самая правдоподобная версия: прозвище Гунка дали бедно одетому человеку, нищему или тому, кто ходил в обносках. Это указывало на социальное положение предка, а не на его характер.

Менее вероятна связь с прилагательным «гунявый» в другом значении — «лысый, плешивый». В некоторых говорах так говорили о человеке с проплешинами. Эта версия слабее, потому что основное значение слова «гуня» всё же связано с одеждой, а не с внешностью.

Существует и третья, совсем редкая гипотеза, которая выводит фамилию от древнееврейского имени Гуний (от основы «гуни» — «расписанный, раскрашенный»). В этом случае Гунка могла быть краткой формой этого имени. Но для русской крестьянской или посадской среды XVI–XVII веков, где и закрепилась фамилия, такое объяснение выглядит натянутым. Основная масса Гункиных явно получила фамилию от прозвища, а не от библейского имени.

Первые документальные свидетельства о родственных фамилиях относятся к XVI веку. Известен, например, конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин (1573 год). Форма Гунин стоит в том же ряду, что и Гункин — разница только в суффиксе или огласовке прозвища. Так что корни фамилии уходят в московскую служилую среду эпохи Ивана Грозного.

Итог простой: фамилия Гункин происходит от прозвища Гунка, которое, скорее всего, дали предку за его бедную или рваную одежду. Потомок этого человека стал Гункиным, и фамилия закрепилась в роду.