Фамилия Гункин образована от прозвища Гунка, которое восходит к существительному «гуня». Гуней в старину называлась ветхая худая одежда, лохмотья. Поэтому можно предположить, что прозвище Гунка указывало на социальное положение или особенности поведения предка Гункиных. Менее вероятна связь прозвища Гунка с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». Согласно еще одной гипотезе, фамилия Гункин происходит от имени Гунка, краткой форме древнееврейского имени Гуний, котрое восходит к основе «гуни» - «расписанный, раскрашенный». Первые документальные упоминания о родственных фамилиях датируются XVI веком. Так, из письменных источников известен конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин (1573 год). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гунка, со временем получил фамилию Гункин.