Фамилия Гункины образована от прозвища Гунка, а оно, в свою очередь, восходит к слову «гуня». В старину гуней называли ветхую, худую одежду, лохмотья. Поэтому первое, что приходит на ум: прозвище Гунка могли дать человеку, который носил рваную одежду, — это указывало бы на его бедность или небрежность. Однако не стоит торопиться с выводом: прозвища часто бывали ироничными и закреплялись за людьми, которые, наоборот, одевались щегольски, «с иголочки», — так что прямая связь с социальным положением неочевидна.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». В этом случае прозвище описывало бы внешность предка. Ещё одна гипотеза, более спорная, возводит имя Гунка к краткой форме древнееврейского имени Гуний, основа которого якобы означает «расписанный, раскрашенный». Эта версия выглядит натянутой, так как имя Гуний не было распространено в русской среде, и объяснять через него фамилию, образованную по типичной русской модели с суффиксом -ин, нет оснований.

Первые документальные свидетельства о родственных фамилиях относятся к XVI веку. В письменных источниках упоминается, например, конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин (1573 год). Эта запись показывает, что прозвище Гуня (или Гунка) бытовало уже в ту эпоху и могло принадлежать человеку вполне определённого сословия — служилому или дворовому.

Сама фамилия Гункины построена по простой и продуктивной модели: к основе Гунк- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Гункин). Окончание -ы во множественном числе закрепилось за целым родом. Таким образом, фамилия буквально означает «потомки Гунки». О точном месте и времени её возникновения говорить сложно — процесс формирования фамилий был долгим, и разные ветви одного рода могли получить фамилию независимо друг от друга в разных регионах.