Фамилия Ганкины образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища на -а (Ганка) с помощью притяжательного суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Ганкин сын, Ганкины дети). Мужской вариант фамилии — Ганкин, женский не склоняется (Ганкина), а форма множественного числа (Ганкины) закрепилась как фамилия целой семьи или рода.

Основа прозвища Ганка неочевидна и допускает несколько объяснений. Самое прямое связано со словом «ганка». В словаре Владимира Даля это точеный брусок для перил, строганый для палисадника, а также крыльцо, крылечко с навесом и перилами у входа в дом. Если прозвище дали по профессии, то его носитель был плотником или строителем — человеком, который точил балясины и делал крыльца. Такая версия правдоподобна и хорошо ложится в бытовую логику русских прозвищ: мастера нередко называли по инструменту или изделию.

Но «ганка» могла быть и диалектным словом с другим значением. В некоторых говорах «ганка» — это небольшая гань, то есть гниль, плесень (сравните с украинским «ганьба» — позор, хотя это уже другой корень). Вряд ли такое прозвище стало бы фамильным, но полностью исключать эту версию нельзя.

Есть и вторая, более вероятная линия: Ганка — это уменьшительная форма от крестильных имён Гавриил или Агафон. Гавриил в народной речи давал варианты Ганя, Ганька, Ганка (сравните с Иван — Ваня, Ванька). Агафон в обиходе сокращали до Ганя или Ганка, как и имя Агап. Такая модель типична для русских фамилий: от канонического имени брали разговорную форму и прибавляли суффикс -ин. В этом случае предок Ганкиных был просто Ганкой, то есть Гавриилом или Агафоном, без связи с ремеслом.

Фамилия Ганкины встречается в разных регионах, но заметный след оставили в Поволжье и в центральных губерниях. В метрических книгах XIX века, например, есть записи о крестьянах Ганкиных из Симбирской и Казанской губерний. Там же фамилия нередко писалась через «а»: Ганкины, а не Гонкины — это указывает на устойчивое произношение с ударением на первый слог.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс её закрепления шёл несколько столетий, и Ганкины могли появиться в разное время в разных местах независимо друг от друга. Ясно одно: фамилия не искусственная, не семинарская, а бытовая — она выросла из живого прозвища или имени, которое носил реальный человек.