Фамилия Ганкин в своей основе имеет прозвище Ганка. Согласно словарю В. И. Даля, «ганка» — это точеный брусок для перил, строганый для палисадника, а также крыльцо, крылечко с навесом и перилами у входа в дом. Исходя из этого, можно уверенно предположить, что прозвище Ганка получил плотник или мастер, который изготавливал такие детали для домов. Соответственно, родоначальник Ганкиных был человеком, чья работа была связана с деревянным зодчеством и строительством.

Образование фамилии простое и типичное для русской ономастики: к основе Ганк- добавился суффикс принадлежности -ин. Такая модель означает «чей?» — «сын Ганки» или «потомок Ганки». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода (Ганка — женского рода в грамматическом смысле, даже если прозвище носил мужчина). Это не редкость: прозвища на -а (Ганка, Ванька, Петька) давали мужчинам в быту, а фамилии на -ин закреплялись за их детьми.

Важно отметить, что в русском языке слово «ганка» — не общеупотребительное, а диалектное, локальное. Оно бытовало в северных и центральных губерниях, где деревянное строительство было особенно развито. Это даёт географическую привязку: предки Ганкиных с наибольшей вероятностью жили в тех краях, где плотницкое ремесло было повсеместным, а местная речь сохранила это специальное слово. Фамилия не относится к числу самых распространённых, что подтверждает её узкопрофессиональное и региональное происхождение.

Других версий происхождения, например от имени Ганка как уменьшительной формы от Гавриил или Ганс, рассматривать всерьёз не стоит: они слабее, потому что не имеют под собой прямого словарного подтверждения в русском языке, а связь с плотницким ремеслом — прямая и очевидная.