Фамилия Ганкина — женская форма от Ганкин — образована от прозвища Ганка. В словаре Владимира Даля «ганка» — это «точеный брусок для перил, строганый для палисадника», а также «крыльцо, крылечко, приступки с навесом и перилами у входа в дом или в избу». Отсюда прямой путь к занятию предка: скорее всего, основатель рода Ганкиных был плотником или строителем, который как раз и занимался точёными перилами и крылечными деталями. Прозвище Ганка могли дать и по месту жительства — у дома с заметным, богато украшенным крыльцом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганкин, то есть сын или потомок Ганки. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия встречается в разных регионах, но чаще всего — в центральной России и Поволжье.

Среди известных носителей — Евгений Маркович Ганкин (родился 26 октября 1922 года), советский художник, заслуженный деятель искусств БССР с 1968 года. Его творчество — ещё одно подтверждение, что фамилия не привязана к одному ремеслу, хотя началась с плотницкого дела.