Фамилия Ганькина образована от имени Ганька — просторечной, обиходной формы крестильного мужского имени Гавриил. Имя Гавриил пришло на Русь с христианством из древнееврейского языка, где оно означало «божественный воин» или «моя сила — Бог». В повседневной речи, особенно в крестьянской и посадской среде, полные имена часто сокращали и переделывали на свой лад: так Гавриил превращался в Ганю, а затем и в Ганьку. Суффикс -к- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а указывает на простонародное, бытовое употребление имени.

Скорее всего, основатель рода Ганькиных был человеком из простого сословия. Фамилии на -ин традиционно образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я, и отвечали на вопрос «чей?»: Ганькин — значит «сын Ганьки» или «человек из семьи Ганьки». Такая модель типична для русского Севера, Поволжья и некоторых центральных областей, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов на юге страны. В документах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания крестьян и посадских людей с именем Ганька, что подтверждает: фамилия Ганькина действительно ведёт начало от мирского, нецерковного варианта крестильного имени.

Стоит добавить, что у фамилии Ганькина есть «двойники» — однокоренные фамилии Ганьшин, Ганин, Ганеев. Все они восходят к разным производным формам имени Гавриил: Ганя, Ганьша, Ганяй. Однако модель Ганькина — самая прямая: она сохранила исходную разговорную форму имени без дополнительных суффиксов и переогласовок. Это делает её особенно ценной для историков языка: по ней можно восстановить, как именно звучало имя в живой речи конкретной местности.