Фамилия Ганьковский — типичный пример фамилии, образованной от географического названия. В её основе лежит топоним Ганьково: в России известно несколько деревень и сел с таким именем, например, в Ленинградской области. Модель образования проста: к названию населённого пункта добавили суффикс -ск-, а затем окончание -ий, что характерно для польской и западнорусской традиции формирования дворянских и шляхетских фамилий. Носитель такой фамилии — выходец из Ганькова, «ганьковский».

Само название Ганьково, в свою очередь, происходит от личного имени Ганька. Это просторечная, обиходная форма крестильного мужского имени Гавриил. В переводе с древнееврейского Гавриил означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Таким образом, корень фамилии восходит к библейскому архангелу, но через бытовое, уменьшительное прозвище, которое давали человеку в деревне.

Если сравнивать Ганьковского с однокоренными фамилиями, то бросается в глаза различие в суффиксах. Фамилии Ганьков и Ганькин образованы по той же основе, но с помощью суффиксов -ов и -ин, которые указывают на принадлежность конкретному лицу («чей сын?»). А Ганьковский — это именно «выходец оттуда», что придаёт фамилии более книжный, официальный оттенок. В прошлом такие фамилии нередко получали священники или люди, переехавшие в город и записанные по месту прежнего жительства.

Сословная принадлежность первых Ганьковских могла быть разной. С одной стороны, фамилия на -ский традиционно ассоциируется с польской шляхтой или русским духовенством, но с другой — в России XIX века её могли носить и крестьяне, которых переписчики записывали по названию родной деревни. Точных данных о дворянском происхождении этой фамилии нет, поэтому более вероятно, что предки большинства современных Ганьковских — крестьяне или мещане из тех самых деревень Ганьково.