Фамилия Ганьковский ведет свое начало от топонима Ганьково - в России существует несколько деревень и сел с таким названием (например, в Ленинградской области). Само название Ганьково происходит от имени Ганька, которое является просторечной формой крестильного мужского имени Гавриил. В переводе с древнееврейского оно означает «божественный воин» или «моя сила - Бог».