Основой фамилии Ганькова послужило имя Ганька. Фамилия Ганькова образована от имени Гавриил, а точнее от его уменьшительной формы – Ганька. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин». Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Ганькова была образована от прозвища Ганька из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ганька, со временем получил фамилию Ганькова.