Фамилия Ганькочева — женская форма мужской фамилии Ганькочев. В основе лежит прозвище или имя Ганькоч, которое само по себе составное и редкое. Словообразовательная модель указывает на типично русский суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы), который в XVI–XVII веках закрепился за фамилиями крестьян и мещан. То есть носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Ганькоч.

Корень «Гань-» почти наверняка восходит к краткой форме канонического имени Гавриил — Ганя. В русской народной традиции Ганя, Ганька, Ганюта — обычные уменьшительные варианты этого имени. Вторая часть «-коч» сложнее. Скорее всего, это тюркский или диалектный элемент: в южнорусских говорах «коч» означало «кочевник», «бродяга» или «переселенец», а в тюркских языках (например, в татарском или башкирском) «көч» — «сила», «мощь». Таким образом, Ганькоч могло быть прозвищем: «Ганя-кочевник» или «Ганя-силач». Первая версия правдоподобнее, так как в русской ономастике часто соединяли личное имя с бытовой характеристикой.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Ростовской областям, где исторически смешивались славянское и тюркское население. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: вероятно, один род дал начало всем носителям. Вариант написания через «о» (Ганькочов) тоже возможен, но менее распространён.

Социальный контекст: фамилия формировалась в среде однодворцев или государственных крестьян чернозёмной полосы. Сословной элиты среди Ганькочевых не было — это фамилия простого люда, чьи предки занимались земледелием или мелкой торговлей.