Фамилия Ганько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которые в XVII–XVIII веках массово закрепились на территории Гетманщины и Слобожанщины. Суффикс -ко в украинской антропонимии выполнял роль уменьшительности или принадлежности: от имени, прозвища или профессии образовывалось семейное прозвание. В основе Ганько лежит народная форма Гань — сокращение от канонического имени Иоанн (в русской традиции Иван). В украинском языке имя Иван дало множество производных: Івась, Івашко, Вань, Гань. Последняя форма, Гань, с суффиксом -ко дала Ганько — то есть «маленький Гань» или «сын Гани». Это типичная патронимическая модель: так называли сына или младшего родственника человека по имени Гань.

С географической точки зрения фамилия Ганько плотнее всего привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также к югу России, куда в XIX веке переселялись украинские крестьяне. В русских переписных книгах XVII века фамилия почти не встречается, что подтверждает её позднее оформление именно в украинской среде. В сословном плане Ганько — крестьянская и казацкая фамилия, без дворянских ветвей: носители были либо рядовыми казаками, либо государственными крестьянами.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным глаголом «ганьбити» — позорить, ругать. В таком случае прозвище Гань мог получить человек сварливый или склонный к брани. Однако эта гипотеза слабее, поскольку суффикс -ко при прозвищах такого типа в украинской традиции редок: обычно они оформлялись через -ло или -ун. Имя Иоанн остаётся самым надёжным объяснением.

В написании фамилии встречаются варианты Ганько и Ганька, но последний скорее является формой обращения в быту, а не официальной фамилией. В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине, и склоняется, если женщине — что тоже типично для украинских фамилий на -ко.