Фамилия Ганьковы образована от имени Гавриил, а точнее — от его обиходной, уменьшительной формы Ганька. Само имя Гавриил древнееврейское и значит «божественный воин»: на Русь оно попало с христианством и быстро стало одним из любимых. В быту громоздкое полное имя постоянно сокращали, и в крестьянской, и в купеческой среде человека запросто звали Ганькой — так появилась основа для фамилии.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: Ганьков — это «чей?» — сын Ганьки. Сначала так говорили о главе семьи, а потом фамилия закрепилась за всем родом. Интересно, что ударение в фамилии может падать на первый слог (Га́ньков) или на последний (Ганько́в), и это не ошибка, а следствие разных местных говоров и акцентов.

Существует и другая версия, менее правдоподобная: будто бы Ганька — прозвище от украинского «гана» (осуждение, порицание). Так могли назвать сварливого или строгого человека. Однако против этой гипотезы говорит то, что имя Гавриил в форме Ганька было повсеместно распространено, и связывать фамилию с редким диалектным словом нет особой нужды.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян затянулся до XIX века. Но сама модель — имя в уменьшительной форме плюс суффикс -ов — одна из древнейших и самых массовых. Поэтому Ганьковы могли появиться в любом регионе, где было распространено имя Гавриил, от северных губерний до южных.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гаврилов (от полной формы), Гаврюшин, Гавриков, Ганин. Ганьков стоит в этом ряду как вариант, где имя сократили сильнее всего, почти до одного корня. Такие «короткие» фамилии часто бытовали в среде, где имя использовали постоянно и неформально — в деревнях, ремесленных слободах, среди казачества.