Фамилия Ганьков — классический пример того, как полное церковное имя превратилось в обиходное прозвище, а затем закрепилось в качестве родового. В её основе лежит имя Ганька — одна из уменьшительных форм имени Гавриил. Само имя Гавриил древнееврейского происхождения и переводится как «божественный воин» или «сила Божья». На Руси это имя было широко распространено, и народная любовь к нему породила множество производных форм: Гаврила, Гаврюша, Ганя, Ганька.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность. Фамилия Ганьков буквально означала «сын Ганьки» или «из рода Ганьки». Такая патронимическая модель была типична для русского Севера и центральных областей, где и стоит искать корни большинства носителей этой фамилии.

Существует и альтернативная, но гораздо менее убедительная версия, связывающая фамилию с украинским словом «гана» — «осуждение», «порицание». Согласно этой гипотезе, прозвище Ганька мог получить человек, которого часто осуждали или который сам любил осуждать других. Однако в ономастике принято отдавать предпочтение версии, основанной на личном имени: во-первых, имя Гавриил было очень частотным, во-вторых, для фамилий на -ов образование от имени — основной и естественный путь. Версия с «ганой» выглядит натянутой и не имеет широкой поддержки в научных кругах.

Интересно, что фамилия Ганьков — не единственная в этом ряду. Однокоренные Ганьшин, Ганюшкин, Ганчев образованы от тех же вариантов имени Гавриил, но с разными суффиксами. Это говорит о том, что в каждом регионе или даже в каждой семье закрепилась своя любимая форма обращения. Так, Ганьков — одна из самых простых и прямых ветвей этого большого именного гнезда.

Социальный состав носителей фамилии был разнородным. Как и большинство патронимических фамилий на -ов, Ганьковы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и среди духовенства. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Ганьковых из разных уездов — от Вологды до Рязани. Фамилия эта не была дворянской, но и не считалась редкой или простонародной в уничижительном смысле.